Обособени са 1 пункт за контрол на повърхностните води от р. Дунав и 5 пункта за контрол на отпадъчни води от АЕЦ “Козлодуй”. Пробонабиране на подземни води се извършва от 8 – те бр. шахтови кладенци за добив на подземни води и от 17 бр. сондажни кладенеца на промишлената площадка.
Ежегодно се отбират около 500 бр. водни проби и се извършват над 2000 анализа, резултатите от които показват, че няма тенденция за повишение на стойностите на контролираните показатели. Сред по-важните контролирани показатели при отпадъчните води са “активна реакция”, “неразтворени вещества”, “нефтопродукти”, “хлорни йони”, “общ азот”, “детергенти” и др. При подземните води се наблюдават активната реакция, електропроводимостта, общата твърдост, както и съдържанието на соли (амониеви, нитрати, нитрити, сулфати, фосфати и др.) и метали (бор, желязо, манган, кадмий, олово, живак и др.).
В изпълнение на разрешителното за емисии на парникови газове, издадено на “АЕЦ Козлодуй” ЕАД от МОСВ се извършва собствен мониторинг на емисиите на въглероден диоксид (СО2), който се отделя в атмосферния въздух при периодичното изпробване на дизелгенераторите на системите за безопасност. Емисиите се изчисляват всяко тримесечие и веднъж годишно, и се отчитат в Националния регистър за квоти на емисии на парникови газове. Годишното количество на емисиите на СО2 от АЕЦ “Козлодуй” е около 450 тона.